преобразование сложных веществ с помощью биологической активности, включающее три процесса: трансформацию или незначительные изменения молекулы; фрагментацию или разложение сложной молекулы на более простые соединения; минерализацию или превращение сложного вещества в самые простые (Н2О, СО2, Н2, NH3, CH4, и т.д.). Основные биологические агенты — микроорганизмы с огромным разнообразием ферментных систем и большой лабильностью метаболизма.